À l'Académie Hope's Peak, une école remplie d'individus au talent extraordinaire, Nagito Komaeda est un garçon ordinaire, sans particularité ni compétence notable, si ce n'est son incroyable malchance. Le simple fait de se rendre à l'école le matin lui vaut une série d'accidents malheureux, dont la cadence ne fait qu'augmenter au fil de la journée. Malgré cela, Komaeda mène une vie relativement normale et se contente de son modeste bonheur. Cependant, tout bascule lorsqu'un garçon mystérieux, se proclamant le « Destructeur du monde », fait irruption pour briser son paradis illusoire.