Willy est une orque mâle, capturée puis vendue à un centre aquatique pour y être dressée et exploitée. Jesse, préadolescent abandonné par sa mère, rebelle à l'autorité et fugueur, est arrêté pour vandalisme au cours d'une fugue et placé dans une famille d'accueil qui désire l'adopter. Il doit nettoyer ses graffitis au centre aquatique et y fait la rencontre de Willy qui devient peu à peu son meilleur ami. Mais puisque l'orque ne coopère pas au spectacle qu'on attend de lui, elle manque de se faire tuer sur ordre du peu scrupuleux propriétaire des lieux. Jesse et ses nouveaux amis décident de l'aider à regagner la mer et la liberté.