Plusieurs années après avoir subi des expériences inhumaines, Masaru Asou se réveille dans le coeur d'une montagne, entendant les cris d'une voix inconnue lui demandant de protéger Hiroshi Mochizuki, le fils du scientifique responsable des expériences. Hiroshi est poursuivi par un monstre, mais est finalement sauvé par Masaru qui devient le cyborg Kamen Rider ZO. Masaru apprend alors que le professeur Mochizuki est porté disparu depuis deux ans et que l'organisme sur lequel il travaillait est à l'origine du monstre qui a attaqué Hiroshi…