Utena, une jeune fille prétendant vouloir devenir un prince, arrive dans sa nouvelle académie. Après la rencontre avec son ex-petit ami, elle reçoit une bague, le Sceau de la Rose. Celui-ci l'entraîne dans une série de duels dont le vainqueur prend possession de Himemiya Anthy, une jeune fille aussi mystérieuse qu'extravertie. Après une victoire sur Saionji, un autre duelliste, elle prend « possession » d'Anthy et commence à découvrir ce qui se trame dans l'académie…