Après avoir gagné les cinq dernières places à la loterie, Scooby-Doo, Sammy, Fred, Daphné et Véra décollent pour explorer la galaxie à bord du Sly Star One, le vaisseau flambant neuf de Sly le baron milliardaire. Tout va pour le mieux dans cet espace sans gravité jusqu'au moment où des puissances extra-terrestres mystérieuses s'attaquent à la navette spatiale.