Ninja Resurrection se déroule à l' époque Tokugawa , à une époque où les chrétiens du Japon étaient persécutés . Le chef de la rébellion de Shimabara , Amakusa Shirō , espérait résister aux forces gouvernementales attaquant des chrétiens comme lui, mais est assassiné. Peu de temps après, l'esprit agité d'Amakusa revient pour venger ses camarades tombés au combat et il appartient à Yagyū Jūbei Mitsuyoshi de mettre un terme à l'assaut démoniaque.