Un génie du mal nommé le Dr Who - Dr.Huu dans la version japonaise - a créé le robot Kong (parfois dénommé Mechani-Kong dans la version japonaise) pour creuser à la recherche d'un élément hautement radioactif appelé "Elément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon...