2202, trois ans après la bataille contre les Gamilas, le système solaire est de nouveau en paix et la Terre a été restaurée grâce au dispositif donné par Starsha Iscandar. Un traité de paix a officialisé la fin de la guerre entre la Terre et Gamilas qui s'allient pour former une force armée intergalactique avec comme nouveau navire amiral, l'Andromeda, symbole de cette puissance militaire construit malgré les vœux de paix de Starsha Iscandar. Mais quand une nouvelle puissance, le peuple Gatlantis, commence à faire des ravages et veut conquérir l'univers, Teresa, une femme ayant d'étonnants pouvoirs, fait appel au cuirassé Yamato commandé par Susumu Kodai pour riposter à la nouvelle menace.