En 2138, le célèbre jeu en ligne de réalité virtuelle Yggdrasil est soudainement mis hors service. Cependant, le joueur Momonga décide de ne pas se déconnecter et se retrouve transformé en un puissant sorcier squelettique au moment de la fermeture du jeu. L'univers du jeu continue d'évoluer, et les personnages non-joueurs commencent à ressentir des émotions. Confrontés à cette situation inhabituelle, Momonga et ses fidèles partisans s'efforcent d'enquêter et de prendre le contrôle de ce nouveau monde issu du jeu.