Dans ce deuxième film également, tout tourne autour du célèbre jeu en ligne « Yggdrasil ». Sous l'apparence d'un simple aventurier, Momonga, qui avait autrefois refusé de se déconnecter alors que le jeu devait normalement être mis hors service, tente, avec sa partenaire Nabe, de percer le mystère du nouveau monde d'« Yggdrasil » et d'en savoir plus sur son environnement et ses adversaires. Outre de nouveaux ennemis, il rencontre également de nouveaux alliés. Il doit toutefois constater que son absence de Nazarick a également provoqué des troubles dans ses propres rangs.