L’infant Don Carlo et Elisabeth de Valois d’abord promis l’un à l’autre voient leur amour devenir impossible à la suite d’un nouveau projet de mariage de la jeune fille avec Philippe II, le propre père de l’infant. Don Carlo, désespéré par cette nouvelle alliance politique qui fait de son aimée, sa belle-mère, se confie à son ami, le marquis de Posa. Philippe II dont la jalousie est attisée par la vindicative Princesse Eboli, commence à nourrir des soupçons à l’égard de son épouse et de son fils, qui l’affronte violemment en plaidant la cause des Flamands persécutés par l’Inquisition. Le loyal Posa prend parti pour Philippe II à la stupéfaction générale. Mais la terrible machine de l’Inquisition est en marche : Posa y perdra la vie et Don Carlo, menacé à son tour, disparaîtra mystérieusement entraîné par le spectre du grand Charles Quint.