Le film se concentre sur l'histoire du Battlestar Pegasus, il se passe juste après la promotion de Lee Adama en tant que commandant du Battlestar Pegasus (saison 2, épisode 17, "Une main de fer"), de fréquents flashbacks montrent les événements vus du Pegasus entre l'attaque des Cylons et le présent, deux flashbacks montrent des événements de la première guerre contre les Cylons (un sur l'amiral Helena Cain, fuyant l'attaque des Cylons sur Tauron alors que sa petite sœur était tuée par les machines, un autre sur la découverte d'un centre de recherche Cylon visant à fabriquer un hybride cylon/humain).