Après la destruction de la Terre par de mystérieuses formes de vie extraterrestres connues sous le nom de Gauna, le reste des survivants de la race humaine se sont échappés dans l'espace à bord de l'énorme vaisseau de génération Sidonia. Après avoir dérivé dans l'espace pendant des millénaires, la Sidonia s'est retrouvée une fois de plus attaquée par les Gauna pour la première fois depuis un siècle.