L’action se déroule en 200X au moment de la Cyber Révolution. Les habitants de Dentech City sont connectés grâce aux Pets - des terminaux spécifiques - à un réseau informatique dans lequel ils évoluent individuellement à travers des "Net Navi", leurs navigateurs personnels. Chaque Net Navi possède des caractéristiques et des pouvoirs propres. Megaman est celui de Lan , un jeune garçon gradé de la cinquième section. Ensemble et avec leurs amis, ils essaient de contrecarrer le diabolique Mr Wily et son organisation du chaos Net Crime qui menacent d’anéantir le monde.