L'histoire tourne autour de Kusanagi Yui, qui reçoit l'ordre de Zeus, dieu et proviseur de l'école qu'il a créée, d'apprendre le sens de l'amour à de jeunes et jolis dieux. La raison pour laquelle elle doit faire cela est pour annuler les effets négatifs de l'affaiblissement des liens entre le monde divin et celui des humains.