Depuis que, tout petite, elle s'est perdue dans un monde étrange, Sakura Mamiya a le pouvoir de voir les fantômes. Quoique habituée à ces apparitions étranges, quelle n'est pas sa surprise quand elle voit un élève de sa classe, Rinne Rokudô (un élève mi-humain mi-shinigami), se transformer en spectre pour vaincre un esprit enragé. Elle apprend alors que cet étudiant sans le sou et toujours absent remplit tous les jours la mission d'amener les âmes récalcitrantes jusqu'à la roue de la réincarnation, où les attend leur prochaine vie. Sakura décide alors d'aider Rinne dans la mission qui est la sienne !